確定申告が遅れた場合はどこに提出する？e-Taxは使える？疑問をすべて解決

確定申告が遅れた場合も、申告方法や申告場所は原則変わりません。e-Taxも使えます。

しかし、確定申告が遅れると、数万〜数十万円ほどの追徴課税を課される可能性があります。

「期限内に確定申告ができなかった」「できるだけ穏便になんとかしたい」と考えている方もいらっしゃるでしょう。

今回は、確定申告が遅れた場合の対処法やリスク、追徴課税額を最小限に抑える方法などについてまとめました。

税理士の立場から、難しい用語は極力使用せず、分かりやすく解説します。

記事を最後までチェックすれば、確定申告が遅れた場合の対処法が明確になり、スッキリした気持ちで事業に取り組めます。

確定申告が遅れた場合はどこに提出すべき？

確定申告の期限(原則3月15日)を過ぎてしまったとしても、提出すべき場所は変わりません。

特別な窓口に行ったり、別の機関に提出したりする必要はありません。 

通常の確定申告と同様に、納税地を所轄する税務署へ提出します。

具体的な提出方法は、以下の3通りです。

• 税務署の窓口へ持参する
• 郵便または信書便で送付する
• e-Tax(電子申告)を利用する

e-Taxは遅れた場合でも利用可能

「期限を過ぎるとe-Tax(電子申告)は使えなくなるのでは？」と不安に思う方も多いでしょう。

しかし結論、期限後申告であってもe-Taxは問題なく利用可能です。

国税庁の「確定申告書等作成コーナー」やe-Taxソフトは、通年で稼働しています。3月15日を過ぎた後でもシステムが閉じることはありません。

むしろ、期限後申告こそe-Taxの利用を強くおすすめします。理由は「速さ」です。 

期限後申告では、無申告加算税や延滞税といったペナルティが課される可能性があります(詳しくは後述)。そして延滞税は、納付までの日数に応じて日割り計算で増えていきます。

つまり、日程調整が必要な窓口への持参や、日数がかかる郵送よりも、e-Taxでの即時申告がおすすめです。

確定申告が遅れた場合はどうなる？

確定申告が遅れると、以下の事態を招きます。

• 税務調査の対象になる
• 無申告加算税を課される
• 延滞税を課される
• 青色申告特別控除が減額される

それぞれ詳しく解説します。

税務調査の対象になる

確定申告が遅れる最大のリスクは、税務調査のターゲットに選ばれやすくなる点です。

税務署は、期限内に申告をしなかった人(無申告者)や、遅れて申告した人のリストを厳格に管理しています。

一度でも期限を守らなかったという事実は、以下のようなネガティブな印象へとつながるでしょう。

• 税に対する意識が低い納税者
• ずさんな経理を行っている可能性が高い

税務署の人員は限られています。そのため、間違いが見つかりそうな人を優先的に調査します。

そして、期限後申告者はその筆頭候補です。

「たかが数日の遅れ」と思うかもしれません。

しかし、その一度の遅れがきっかけで過去数年分の帳簿までさかのぼって調査され、結果として多額の追徴課税を課されるケースも珍しくありません。

関連記事：税務調査が入るとやばい？いくら取られる？どうなるのかを具体的に解説

無申告加算税を課される

遅れて確定申告をすると、無申告加算税が課されます。

無申告加算税とは？：
申告を期間内に行わなかった場合に課される税金。

無申告加算税の税率は、申告のタイミングや税額によって、以下のように異なります。

例えば、本来の税額が100万円だった場合、税務調査の通知前に自主申告をすれば、無申告加算税額は5万円です。

一方、税務調査が実施されるまで何もしなければ、無申告加算税額は20万円になります。

関連記事：【個人事業主向け】「無申告でも税務調査が来ない」は間違い！来る確率や今からできる対策を紹介

延滞税を課される

無申告加算税とは別に、税金の納付が遅れたことに対する利息として徴収されるのが延滞税です。

延滞税は、法定納期限(通常は3月15日)の翌日から、実際に納付した日までの日割りで計算されます。

つまり、申告が遅れれば遅れるほど、雪だるま式に支払い額が増えていきます。

延滞税は、以下の式で計算可能です。

延滞税額＝未納額×利率×日数÷365

延滞税の税率は、その年によって変動しますが、概ね以下のようになっています。

注意すべきは、最初の2ヶ月を過ぎると税率が跳ね上がる点です。

無申告加算税や延滞税といった追徴課税については、以下の記事で詳しく解説しています。

関連記事：税務調査の追徴課税とは？5つの種類や各何パーセントか、払えないとどうなるかを解説

青色申告特別控除が減額される

個人事業主にとって大きな痛手となるのが、青色申告特別控除の減額です。 

青色申告を行っている事業者は、複式簿記での記帳やe-Taxでの申告などの要件を満たすと、最大65万円の所得控除を受けられます。

これは大きな節税メリットです。 

しかし、この65万円控除を受けるための絶対条件の1つに、「法定申告期限内(3月15日まで)に申告すること」が含まれています。

もし申告が1日でも遅れて期限後申告になってしまうと、どんなに完璧な帳簿を作っていても、特別控除額は「10万円」まで減額されてしまいます。

「控除額が55万円減る＝所得税が増える」だけではありません。それに連動して住民税や国民健康保険料も跳ね上がります。

トータルの損失額は数万円〜数十万円に及ぶでしょう。

関連記事：個人事業主は青色申告と白色申告のどちらで手続きすべきなのか

確定申告が遅れた場合の住民税はどうなる？

確定申告が遅れると、住民税にも大きな影響が及びます。 

通常、税務署に提出された確定申告書のデータは、お住まいの市区町村に送られ、それをもとに住民税額が計算されます。

そして、6月頃に住民税の納付書が届く仕組みです。

しかし、確定申告が遅れると、このデータの連携がスムーズに行きません。

そのため、タイミングによっては延滞金がつきます。

延滞金の額は、納期限後1ヶ月が上限7.3%、それ以降が上限14.6%です。

所得税の確定申告が遅れると、所得税のみならず住民税の手続きも遅延させ、金銭的・事務的な負担を増やす原因となります。

確定申告の際にふるさと納税の記載を忘れた場合はどうなる？

確定申告書を提出した後に、「ふるさと納税の記載を忘れていた」と気づくケースはよくあります。 

この場合、本来引かれるはずの寄付金控除が適用されていないため、税金を払い過ぎている状態になります。

ふるさと納税の記載を忘れた際、払い過ぎた税金を取り戻すために行う手続きが、「更正の請求」です。

「更正の請求」の期限は、原則として法定申告期限から5年間です。

つまり、今年の申告で忘れた分だけでなく、2年前や3年前に忘れていたふるさと納税についても、今から申告して取り戻せます。

手続きとしては、所轄の税務署に対して「更正の請求書」を提出します。

税務署での審査が完了し、請求内容が正当であると認められれば、指定した銀行口座に払い過ぎた税金が還付されて手続き完了です。

確定申告の際に医療費控除の記載を忘れた場合はどうなる？

以下のような場合も、ふるさと納税と同様の対応になります。

• 医療費の領収書が見つからなかったから入れずに申告した
• 後から高額な医療費がかかっていたことに気づいた

すでに確定申告を済ませている場合は、更正の請求によって適用漏れとなっていた医療費控除を追加し、税金の還付を受けましょう。

この手続きも過去5年分までさかのぼって行えます。

一方、もし「そもそも確定申告自体をまだしていない(期限後申告になる)」という状況であれば、これから提出する期限後申告書の中に医療費控除を盛り込めば問題ありません。

忘れていた場合や期限後申告をする場合でも、面倒だと思わずに医療費控除を受けましょう。

数万円単位でお金が戻ってくるケースも珍しくありません。

やむを得ない事情がある場合は確定申告が遅れても問題ない

基本的に、期限後申告にはペナルティがつきものです。

しかし、やむを得ない事情がある場合に限り、期限が延長され、加算税などが免除される救済措置があります。 

「やむを得ない事情」の具体例は、以下のとおりです。

• 災害： 地震、台風、火災、水害などで被災し、帳簿やパソコンを紛失したり、避難生活を余儀なくされたりした場合。
• 病気・怪我： 納税者本人が重病や大怪我で入院し、物理的に申告手続きができない状態だった場合。(※単なる風邪や、数日の体調不良では認められません)
• 感染症の拡大： 過去には新型コロナウイルスの感染拡大に伴い、一律の期限延長措置が取られたこともある。

この特例を受けるためには、申告書を提出する際に「災害による申告、納付等の期限延長申請書」を提出しなければなりません。

この書類は、e-Taxでも提出できます。

確定申告が遅れた場合でも自主申告をすれば追徴課税額を下げられる

特別な事情もなく単に期限を過ぎてしまった場合、絶対にやってはいけないのが「税務署から連絡が来るまで待つ」ことです。

そして期限後申告において最も重要なのは、「税務調査の通知が来る前に、自分から申告すること」です。

例えば無申告加算税の税率は、自主的か指摘後かで、以下のように変わります。

• 自主申告： 税額の5%
• 指摘後(調査通知後)： 税額の10%〜25%
• 指摘後(調査実施後)： 税額の15%〜30%

この差は非常に大きいです。

「まだ税務署から何も言ってこないから大丈夫」ではありません。税務署は泳がせているだけかもしれません。

調査の連絡が来てから「今やろうと思っていました」と言っても手遅れです。 

自主申告の内容に不備があると税務調査の対象になる可能性が上がる

「早く出さないとペナルティが増える」と焦るあまり、適当に申告書を出してしまうのは逆効果です。

期限後申告(自主申告)を行ったとしても、その内容に計算ミスや経費の計上誤りなどの不備があると、税務署からマークされ、かえって税務調査を誘発します。

期限後申告は、ただでさえ「通常の期限を守れなかった」というマイナスからのスタートです。

そこで提出された申告書がボロボロであれば、税務署の心証は最悪になります。

追徴課税額を最小に抑えるには、急ぐことが大切です。しかし、それ以上に「正確であること」も重要です。

関連記事：個人事業主が税務調査対象になる確率は0.5%なのに通知が来た！流れや今からできる準備を紹介

確定申告をさかのぼって申告するやり方

確定申告をさかのぼっての申告は、原則として通常のやり方と同じです。

しかし、税制や控除額は年によって異なるため、最新年度の用紙を使って過去分を申告することはできません。

例えば2年前の分を申告するのであれば、2年前の用紙を用います。

詳しくは以下の記事で解説しています。

関連記事：確定申告は過去5年分さかのぼって申告できる！e-Taxでのやり方や必要書類を解説

確定申告が遅れた場合は税理士への相談がおすすめ

以下2つの理由から、確定申告が遅れた場合は、税理士への相談がおすすめです。

• 追徴課税額を最小限に抑えられるから
• 翌年以降の確定申告への心配がなくなるから

1つずつ詳しく見てみましょう。

追徴課税額を最小限に抑えられるから

確定申告が遅れた時点で、多かれ少なかれ追徴課税が発生すると考えておきましょう。

そして期限後申告で誤りがあると、追徴課税額はさらに増えてしまいます。

税理士は正確な申告書を作成します。そのため、追徴課税額を最小限に抑えられるでしょう。

さらに、あなたが気づいていなかった経費や控除を見つけ出し、本税そのものを圧縮できるかもしれません。

本税が安くなれば、それに連動する加算税や延滞税も自動的に安くなります。

「税理士費用がかかる」と躊躇するかもしれません。

しかし追徴課税の減額分や、本税の節税、正確な申告による税務調査リスクの回避を考えれば、コストパフォーマンスは高いと言えます。

翌年以降の確定申告への心配がなくなるから

今回なんとか自力で乗り切ったとしても、来年また同じようにギリギリになって焦ったり、遅れたりするかもしれません。

税理士に依頼をすれば、翌年以降、余裕を持って申告できる体制が整います。 

「毎年3月になると憂鬱になる」「いつ税務署が来るか怯える」といった精神的なストレスから解放され、本業に100%集中できるようになるでしょう。

関連記事：確定申告丸投げパックは月1万からで安い！理由やサービス内容、注意点を解説

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まとめ

確定申告が遅れた場合の対処法やリスク、追徴課税額を最小限に抑える方法などについて解説しました。

万が一、確定申告が遅れた場合でも、できるだけ早く、そして正確に期限後申告をしましょう。

そうすることで、追徴課税額を最小限に抑えられます。

早く正しく確定申告をするため、今後確定申告の期限に遅れないためには、税理士への依頼がおすすめです。

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